שרת הפנים איילת שקד החליטה לדחות באופן חריג בקשה של מבקש מקלט אריתראי לקבלת מעמד של פליט – בניגוד להמלצתה של הוועדה המייעצת למשרד הפנים לענייני פליטים. שקד נימקה את החלטתה בטענה שנמצאו סתירות בעדותו, וטענה כי החוק מחייב אותה "באופן כמעט מוחלט" שלא לתת מעמד לזרים בישראל. היא הוסיפה כי אין חשש שמבקש המקלט יגורש בעת הזו חזרה למדינתו. לפי נתונים שהגיעו לידי "הארץ", זו הפעם השנייה בשנים האחרונות ששר פנים דוחה את המלצות הוועדה לאשר בקשה כזו.
הסתירות בעדותו של מבקש המקלט, יונאס, הוצגו בפני הוועדה, אך דעת הרוב טענה שיש לתת לו "ליהנות מהספק" עקב הפגיעה הפיזית שעבר. יונאס סיפר לחברי הוועדה כי ב-2008 נעצר באריתריאה לאחר שתכנן להשתמט משירות צבאי ולצאת מהמדינה. לדבריו, במעצר הוא חווה תנאי כליאה קשים, שכללו שהות מתחת לאדמה ואלימות פיזית קשה שכתוצאה ממנה איבד את ראייתו בעין אחת.
בין הגרסאות שמסר יונאס בראיונות השונים בפני הוועדה נמצאו סתירות בנוגע לנסיבות שבהן נפצע בעינו. עם זאת, רוב חברי הוועדה הגיעו למסקנה כי "גם אם הגרסה שמסר לגבי האופן המדויק שבו נפצע אינה אחידה, ומשאין חולק כי המבקש אינו רואה בעין אחת, ומאחר שבשתי הגרסאות המבקש טוען כי נפצע בעינו בזמן שירותו הצבאי ולאחר שנכלא, על הספק לפעול לטובתו במקרה זה ויש לראות בחבלה שנגרמה לו במהלך שירותו הצבאי, בין אם כאקט של עינויים במסגרת חקירה ובין אם כחבלה שנגרמה על ידי רודפיו בעת ניסיון בריחה, כדבר מה נוסף המצטרף לטענת העריקות מהצבא". מנגד, נציג משרד המשפטים בוועדה סבר, בדעת מיעוט, כי בשל הסתירות הרבות בין הגרסאות – לא ניתן לתת אמון כלל בגרסתו.
במאי שנה שעברה קיבל שר הפנים הקודם, אריה דרעי, את העמדה של נציג משרד המשפטים בוועדה וקבע כי יש לדחות את הבקשה. ביוני השנה קבע בית הדין לערעורים כי ההחלטה תובא לבחינה מחודשת של שר הפנים, בין היתר כיוון שהשר דרעי לא נימק את החלטתו. הדיינת רחל שרם פלדור ציינה כי "גרעין סיפורו של העורר הן ביחס לפגיעה הקשה בעינו, הן ביחס לכליאתו והן ביחס לבריחתו נותר בכללותו עקבי, ונראה על פניו כי הסתירות שעלו מראיונות אלה אינן בהכרח יורדות לשורשו של עניין".
השרה שקד, שהחליפה את דרעי בתפקידו, ציינה כי אין מקום להורות לה לנמק את החלטתה, בהתאם לחוק המחריג את החלטות שרי הפנים מכוח חוק הכניסה לישראל. עם זאת, היא טענה שמשום שנציגי משרד הפנים הסכימו לכך בבית המשפט היא תכבד זאת ותציג את נימוקיה.
השרה שקד הקדימה וכתבה כי המחוקק קבע ששר הפנים יכול לתת מעמד במקרים קיצוניים בלבד. "שיקול הדעת שלי כשרת הפנים הותווה בבירור על ידי המחוקק. בהינתן שהמחוקק ביקש לצמצם אם לא לשלול לחלוטין את סמכות שר הפנים להעניק מעמד לשוהה שלא כדין, אזי אוכל לחרוג מהוראה זו רק אם מצאתי סיבה מבוססת מאוד לקבוע כי קיום דבר המחוקק איננו סביר באופן קיצוני במקרה הפרטני", כתבה.
שקד המשיכה וטענה כי דחיית בקשת מקלט אינה בלתי סבירה, כל עוד היא אינה כוללת הרחקה של מבקש המקלט למקום המסכן את חייו. "ראוי לציין שבמקרה זה, נכון לרגע זה, אין כוונה להרחיק את המבקש בכפייה לאריתריאה, כך שאין אפילו חשש קל שבקלים שדחיית הבקשה תביא להפרת עקרון האי-החזרה. במצב דברים זה, ספק רב אם ניתן לראות בדחיית הבקשה תוצאה בלתי סבירה באופן קיצוני", כתבה שקד. בערעור על ההחלטה שהוגש לבית הדין לערעורים בירושלים כתבה עורכת דינו של יונאס כי השרה מפרשת באופן שגוי את החוק.
שקד ציינה את הסתירות שהופיעו בגרסאותיו השונות של יונאס והוסיפה כי מסיפוריו לא עולה תמונה שלפיה אם יגורש, המשטר באריתריאה ירדוף אותו בשל דעותיו הפוליטיות. "לראיה, בשני הסיפורים הוא גויס לצבא לטירונות לאחר שנעצר", כתבה שקד. "לא מתקבל על הדעת כי הממשלה האריתראית תגייס לשורות הצבא גורם שנתפס בעיניה כמתנגד פוליטי. ההסבר הסביר הוא שגם אם נעצר ונענש, דבר המוטל בספק רב, הדבר אירע על רקע משמעתי-מינהלי ולא פוליטי".
עורכת דינו של יונאס, ענבר בראל, מנהלת המחלקה המשפטית של המוקד לפליטים ולמהגרים, מסרה בתגובה: "מעבר לעוול האדיר הנגרם ליונאס, שקד מתנערת באופן בוטה ממחויבותה של מדינת ישראל לנהל מערכת מקלט הוגנת. החלטתה חוטאת לקריטריונים המחמירים ממילא שקבע משרד הפנים עצמו להכרה באזרחי אריתריאה כפליטים, ומפירה בגסות את הדין הבינלאומי ואת עקרונות אמנת הפליטים שעליה חתומה מדינת ישראל. מצופה היה ממי שחורצת את גורלם של מבקשי המקלט בישראל להפגין היכרות בסיסית עם דיני הפליטים ולגלות אחריות בסיסית לאנשים שנמלטו על חייהם ומבקשים הגנה".
לפי בקשת חופש מידע שהגיש משרדו של עו"ד תומר ורשה והגיע לידי "הארץ", המקרה של יונאס הוא אחד משני המקרים היחידים בשנים האחרונות שבהם שר הפנים ביקש להפוך את החלטתה של הוועדה המייעצת לאשר בקשת מקלט לפליט. המקרה הנוסף עסק בפליטה מקונגו שעברה אונס ומרבית חברי הוועדה המייעצת המליצו לשר הפנים דאז דרעי לקבל את בקשתה למקלט מתוך הבנה שחזרה לקונגו תסכן את חייה.
עו"ד תומר ורשה, שייצג את הפליטה מקונגו, מסר בתגובה: "העובדה ששר הפנים דאז, אריה דרעי, דחה פעמיים המלצות חיוביות למקלט מדיני רק מוכיחה את הקשיים הקיצוניים שמולם עומדים מבקשי מקלט בישראל – בניגוד לאמנת הפליטים. אנו נפעל לתקן את העוול בעזרת בתי המשפט".
השרה איילת שקד מסרה בתגובה: "אני מחויבת לפעול בהתאם להוראות המחוקק. אמנם יש להקפיד על הכלל שאין לשלוח אדם למקום שבו נשקפת לו סכנה, אך משם ועד פריצת המסגרת שקבעה הכנסת המרחק רב, ואין לי כל כוונה לעשות זאת. בכל מקרה, כל גורמי המקצוע הסכימו כי נפלו פגמים באמינות המבקש ומקריאת החומר ברור שלא ניתן לתת אמון בגרסאותיו הסותרות, ולכן לא מצאתי כל הצדקה להחריג את המקרה הזה".